La misión de la Fundación Botín es contribuir al desarrollo integral de la sociedad, explorando nuevas formas de detectar talento creativo y apostar por él para generar riqueza cultural, social y económica. Para ello, la Fundación Botín desarrolla programas en los ámbitos del arte y la cultura, la educación, el fortalecimiento institucional, la ciencia y el desarrollo rural. Además, tiene un Observatorio del Agua especializado en el análisis de la gobernanza y la gestión integral de los recursos hídricos.