Coordina la gestión de las actividades del área de Ciencia de la Fundación Botín, tanto de los programas propios como de las colaboraciones con terceros y acciones transversales. Además, desde 2010, Pepa es responsable del Programa Mind the Gap de apoyo a proyectos empresariales biotecnológicos en fases tempranas basados en resultados científicos de laboratorios académicos.